Naruto, un orphelin, vit dans le petit village de Konoha au sein d'une tribu aux coutumes anciennes et particulières. En effet, les enfants y sont entraînés dans le but de devenir le meilleur ninja : le maître Hokage, celui qui quatre générations passées vainquit au prix de sa vie le démon renard aux neuf queue. Mais, le jeune Naruto se démarque du lot par son caractère d'éternel farceur. Il passe donc son temps à jouer les pires blagues et farces à ses camarades. Pourtant, derrière ce masque de comique se cache en fait le vrai caractère de Naruto : celui d'un enfant seul, triste et rejeté qui ne cherche qu'à se faire remarquer n'étant pas aimé pour une raison inconnue. L'histoire commence quand Naruto doit repasser pour la 3ème fois le test pour devenir assistant ninja. Mais voilà, cette année les choses ne vont pas ce passer comme prévus et Naruto va alors aller de surprises en surprises, à la découverte de son passé mais aussi au devant de son avenir.