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Naruto, un orphelin, vit dans le petit village de Konoha au sein d'une tribu aux coutumes anciennes et particulières. En effet, les enfants y sont entraînés dans le but de devenir le meilleur ninja : le maître Hokage, celui qui quatre générations passées vainquit au prix de sa vie le démon renard aux neuf queue. Mais, le jeune Naruto se démarque du lot par son caractère d'éternel farceur. Il passe donc son temps à jouer les pires blagues et farces à ses camarades. Pourtant, derrière ce masque de comique se cache en fait le vrai caractère de Naruto : celui d'un enfant seul, triste et rejeté qui ne cherche qu'à se faire remarquer n'étant pas aimé pour une raison inconnue. L'histoire commence quand Naruto doit repasser pour la 3ème fois le test pour devenir assistant ninja. Mais voilà, cette année les choses ne vont pas ce passer comme prévus et Naruto va alors aller de surprises en surprises, à la découverte de son passé mais aussi au devant de son avenir.

Naruto Uzumaki: Il est au centre du manga. Il est orphelin, et un secret terrible l'entoure depuis sa naissance. En effet, Naruto ne le sait pas tout d'abord, mais un démon, le démon Renard à neuf queues, a été scellé en lui à sa naissance. En effet, ce démon a saccagé le village le jour où il est né, et le seul sortilège connu pour s'en débarrasser était de le sceller dans le corps d'un nouveau-né... et c'était Naruto. Les adultes du village seuls sont au courant, car ils ont caché ce secret aux enfants. Naruto ignore donc pourquoi tous les adultes le traitent avec répulsion, et si ce n'était pas pour l'amitié d'Iruka, son sensei (maître), sa vie serait une terrible solitude. Naruto possède un caractère de battant, et son souhait le plus cher est de devenir le Hokage (voir l'article sur la hiérarchie des ninjas) de son village; pour acquérir la reconnaissance des villageois. Pour cela il devra monter de nombreux échelons, comme battre Sasuke Uchiwa.

Il possède en lui le chakra du démon renard à neuf queues : Naruto a donc deux chakras, dont un quasiment inépuisable, celui de Kyûbi, qu'il apprendra à maîtriser petit à petit.

Kyûbi: Kyûbi est le démon à neuf queues. Il y a très longtemps, il attaqua le village de Konoha et causa beaucoup de dommages. Le Yondaime Hokage dû utiliser un Justu très puissant qui consiste à faire un pacte avec le dieu de la mort, en échange de sa vie, l'esprit de son ennemi est emprisonné dans le corps d'un être. Kyûbi fut emprisonné dans le corps de Naruto. Maintenant, Naruto peut parfois utiliser l'énergie du démon emprisonné en lui afin de battre ses opposants les plus dangereux. Kyûbi est très égoiste et fourbe, sachant que si Naruto meurt, il meurt aussi il se sait obligé de l'aider dans les moments critiques. L'influence de Kyûbi se manifeste sous la forme d'une aura rouge autour de Naruto, celle-ci peut jusqu'à prendre l'apparence d'une ou plusieurs queues. Naruto peut profiter du chakra de Kyûbi qui est quasi-illimité mais occulte une partie de son humanité à chaque utilisation, plus le nombre de queue augmente, moins il a le controle de lui-même. Dans la deuxième partie du manga Naruto maitrisera beaucoup mieux le chakra de Kyubi mais ne se controle plus à partir de quatre queues. Des neuf Biju, il est le plus puissant.

Sakura Haruno: Cette jeune fille est une femme ninja du village de Konoha. Elle est une élève de Kakashi Hatake et fait équipe avec Naruto Uzumaki et Sasuke Uchiwa. Elle est amoureuse de Sasuke, et, notamment sur ce point, est la rivale de Ino Yamanaka, une amie d'enfance. Sakura est une fille qui fut souvent mise à l'écart lors de son enfance du fait de son large front et c'est Ino qui lui apprit à prendre confiance en elle.
Comme la plupart des jeunes de son âge, elle considère Naruto comme un bon à rien, jusqu'à ce que celui-ci montre ses talents de combattant.
Contrairement aux autres membres de son équipe, elle a une maîtrise presque parfaite de son chakra mais souffre d'un manque de puissance physique lors de ses attaques, tout du moins avant la prise en main de son entraînement par Tsunade. Elle ne possède pas de jutsu particulier, et passe le plus clair des combats de la première partie du manga à rester en arrière.